Башкирский государственный театр оперы и балета открылся в Уфе в 1938 оперой «Прекрасная мельничиха» Д. Паизиелло (на башкирском языке) — дипломной работой выпускников башкирского отделения Московской консерватории, которые и составили основную труппу театра. В неё вошли: Б. Н. Валеева, Ш. В. Валиахметова, В. Н. Галкин, X. Л. Галимов, М. Е. Габдрахманова, З. И. Ильбаева, М. P. Максутова, О. Я. Сыртланова-Калинина, Г. С. Хабибуллин.
Оркестр и хор сформировались из выпускников Башкирского музыкального училища. С 1941 балетную труппу пополняли танцовщики, окончившие Башкирское отделение Ленинградского хореографического училища (среди них: З. А. Насретдинова, Г. Г. Сулейманова, X. Г. Сафиуллин, Ф. М. Саттаров, Т. Ш. Худайбердина, Ф. С. Юсупов). С этого же года театр получил современное название.
В организации театра и воспитании его кадров большая заслуга принадлежит первому художественному руководителю и главному дирижёру театра (1939-1945) народному артисту БАССР и заслуженному артисту РСФСР П. М. Славинскому. Уже в первые годы существования театра наряду с операми композиторов советских республик: «Ер-Таргын» Брусиловского (1939), «Аршин мал алан» У. Гаджибекова (1939), «Качкын» Жиганова (1940) и др., были поставлены произведения мировой классики — «Тайный брак» Чимарозы (1938), «Фауст» (1941), «Русалка» (1941), балет «Коппелия» (1941) и др.
Повышению исполнительской культуры артистов театра способствовала совместная работа с коллективом Украинского театра оперы и балета им. Т. Г. Шевченко, эвакуированного в годы Великой Отечественной войны 1941-45 в Уфу (объединёнными силами были поставлены оперы «Иван Сусанин» и «Аида»).
На сцене театра впервые осуществлены постановки произведений, созданных советскими композиторами: первая национальная опера «Хакмар» Валеева (1940), оперы — «Карлугас» («Ласточка») Чемберджи (1941), «Акбузат» Спадавеккиа и Заимова (1942), «Айхылу» Пейко (1953), «Салават Юлаев» (1955), «Кодаса» (1959), «Шаура» (1963), «Гюльзифа» (1967), «Волны Агидели» (1972) Исмагилова и др., балеты — «Журавлиная песня» Степанова (1944), «Гюльназира» (1963), «Люблю тебя, жизнь» (1967) и «Страна Айгуль» (1971) Сабитова, «Черноликие» Чугаева и Заимова (1965) и др.
Театр широко ставил произведения советских композиторов других республик: оперы — «Тихий Дон», «В бурю», «Молодая гвардия»; «Овод» Спадавеккиа, «Оптимистическая трагедия» Холминова, «Братья Ульяновы» Мейтуса; балеты — «Юность» Чулаки, «Тропою грома»; «Берег надежды» Петрова и др.
Сегодня популярны Международные фестивали оперного искусства «Шаляпинские вечера в Уфе», организуемые театром с 1991 года. Гостями оперного праздника в разные годы стали яркие певцы и дирижеры Большого и Мариинского театров, Перми, Саратова, Воронежа, Екатеринбурга, Самары, Новосибирска, а также из Италии, Болгарии, Германии.
С историей БГТОиБ неразрывно связано имя гениального танцовщика XX века Рудольфа Нуреева. Именно в Уфе, на этой сцене он сделал первые шаги на пути к мировой славе. С 1993 года по инициативе Юрия Григоровича проводятся фестивали балетного искусства им. Р. Нуреева. Авторитет нуреевских торжеств и их известность вышли далеко за пределы республики. В разные годы на сцене БГТОиБ выступали ведущие солисты Большого и Мариинского театров, танцовщики из Бразилии, Аргентины, Германии, Франции, Италии, Испании, Бельгии, Японии, Латвии, США, творческие коллективы «Григорович-балет», «Русский балет» В.Гордеева, Каирский балет, балетная труппа Пермского театра оперы и балета им.П.Чайковского и др.
Всё больший авторитет на мировых подмостках завоевывают творческие коллективы театра. Балетная и оперная труппы тепло были приняты на зарубежных гастролях во Франции (1994), США (1995, 1996), Голландии и Бельгии (1995-1996),Турции (1999), Египте (2003, 2005), Португалии (2005, 2006, 2007), Таиланде (2006, 2008), Бразилии (2007), Китае (2008), Италии (2003,2009, 2010), Мексике (2009).
С небывалым общественным резонансом в масштабе республики и России прошли премьеры спектаклей: «Мадам Баттерфляй» Дж. Пуччини и «Прометей» Р. Сабитова, «Наки» С. Низаметдинова «La marionette» («Марионетка») на музыку С. Стравинского, «Князь Игорь» А. Бородина.
В 2009 году открылся Малый зал театра. На новой площадке уже идут новые спектакли и концертные программы: «Любовный напиток» Г.Доницетти, «Вальпургиева ночь» Ш.Гуно, «День рождения Кота Леопольда» Б. Савельева, «Неклассический дивертисмент», музыкальная комедия «Кодаса» («Свояченица») З. Исмагилова. Недавно состоялась премьера балета «Семь красавиц» на музыку Кара Караева, которая прошла в рамках XVII Международного фестиваля балетного искусства имени Р. Нуреева.